根據俄羅斯原來的規(guī)劃方案，S-400可配備三種導彈：其中40H6導彈飛行高度達70千米，采用二次點火技術，飛行距離可達400千米，是當今射程最遠的地空導彈。同時地面配備一臺超視距雷達作目標指示，以便探測到超視距外目標（據俄官方消息，這是一臺作用距離達600千米的遠程目標指示雷達）。不過值得注意的是，俄羅斯的官方表態(tài)是，40H6導彈主要攔截視距外至400千米范圍內的敵方預警機和電子戰(zhàn)飛機等大、中型目標；用以瓦解敵方的“戰(zhàn)區(qū)外攻擊戰(zhàn)術”（即“雷達視距外攻擊戰(zhàn)術”）。而有些媒體和文章卻誤讀為在此范圍內S-400具備攔截各種彈道導彈的能力。
至于S-400的中近程攔截任務，則用機動性良好的9M96系列導彈，并保留S-300原用的48H6導彈。9M96系列彈的彈體為鴨式布局，且具有推力矢量控制，可在35千米高空作變軌飛行。其中9M96E彈用于近程40千米內攔截；9M96E2彈用于中程120千米內攔截。40H6和9M96系列這二種導彈的戰(zhàn)斗部都采用定向破片爆炸，以增加殺傷力；二者都采用主動導引頭。由此可以說，如果S－400配備齊全的話，俄美兩家的第四代防空反導武器稱得上是各有絕招，旗鼓相當。
