聯(lián)合打擊戰(zhàn)斗機計劃在2010年初的進度已落后13個月，三軍種原訂完成初始作戰(zhàn)能力（Initial Operational Capability）的時間也因此有所改變。計劃的落后對美國海軍造成的沖擊較大，因為隨著海軍現役的F-18A/B/C/D大黃蜂號將于2012年開始陸續(xù)退役，延后部署會導致戰(zhàn)斗機數量無法滿足戰(zhàn)備需求，海軍預期2017年會到達最高峰的不足177架，即便采取延長F-18服役壽命的應急措施，戰(zhàn)斗機數量不足數仍將近100架。

美國政府審計局（Government Accountability Office）對進度落后也提出警告︰預計在完成作戰(zhàn)測試評估前，聯(lián)合打擊戰(zhàn)斗機將出廠360架，一旦測試過程中發(fā)現有任何缺失，修改生產線就得花上一大筆錢，已出廠飛機返廠修改也所費不貲，對未來的飛機價格一定會有不利的影響。