首先，在最高層，由總統和國防部長構成的最高指揮當局負責制定戰(zhàn)略決策。國家安全委員會負責就國家安全問題向總統提供咨詢。參聯會由參聯會主席、副主席、陸軍參謀長、空軍參謀長、海軍作戰(zhàn)部長、海軍陸戰(zhàn)隊司令和國民警衛(wèi)局局長等組成，是總統和國防部長的主要軍事咨詢和參謀機構，也是維系軍政和軍令系統正常運行的重要紐帶。參聯會主席是美國總統、國家安全委員會和國防部長的首席軍事顧問，擁有美國武裝力量軍官的最高軍銜，但沒有作戰(zhàn)指揮權。

第二，在中間層，聯合作戰(zhàn)司令部司令全權負責戰(zhàn)役指揮。美軍聯合作戰(zhàn)司令部由6大地區(qū)司令部（太平洋司令部、歐洲司令部、中央司令部、南方司令部、北方司令部）和3大職能司令部（戰(zhàn)略司令部、運輸司令部和特種作戰(zhàn)司令部）構成，是美軍全軍戰(zhàn)備活動的重心，也是其集成軍種核心能力、處理軍種競爭的主要組織平臺。戰(zhàn)時聯合作戰(zhàn)司令部司令通過參聯會主席領受總統和國防部長下達的命令，對戰(zhàn)區(qū)內所有部隊全權實施指揮，并直接向最高指揮當局負責。

第三，在執(zhí)行層，軍種組成司令部負責戰(zhàn)術實施。聯合作戰(zhàn)司令部下轄軍種組成司令部，根據聯合作戰(zhàn)司令部司令下達的作戰(zhàn)命令，執(zhí)行作戰(zhàn)計劃，提供作戰(zhàn)部隊，遂行作戰(zhàn)任務。

作為美軍“作戰(zhàn)指揮鏈”的核心，聯合作戰(zhàn)司令部的組織機構主要由司令部機關、下屬聯合作戰(zhàn)司令部、軍種組成部隊司令部、臨時或常設聯合特遣隊幾個部分組成。

司令部機關主要由聯合參謀部、直屬單位及附屬人員和設施組成。下屬聯合作戰(zhàn)司令部，即聯合作戰(zhàn)司令部下轄的地區(qū)或職能司令部，例如太平洋司令部下轄的駐韓美軍和駐日美軍司令部，戰(zhàn)略司令部下轄的網絡司令部等。軍種組成部隊司令部，例如太平洋司令部下轄的太平洋艦隊、太平洋空軍司令部等。美軍聯合作戰(zhàn)司令部通常使用臨時或常設性的聯合特遣隊遂行戰(zhàn)役戰(zhàn)術任務，由在行動中起主要作用的軍種部隊指揮官擔任聯合特遣隊指揮官，例如太平洋司令部下轄的第519聯合特遣隊和第510聯合特遣隊等。