1939年6月，由于國共磨擦，制藥廠無法正常生產(chǎn)，遂奉命遷回陜北，在安塞西河口建設新廠。全廠職工自己動手，挖土窯14孔，建工房46間。當年8月，工廠在新址恢復生產(chǎn)。

而此時，制藥廠除原有的3個部外，又新設了制造部、教育部、化驗室和倉庫，并開始舉辦制藥人員培訓班。1940年制藥廠設立研究室，主要承擔藥品鑒定和新藥品研制工作。

制藥廠生產(chǎn)場景

這期間，制藥廠的“研發(fā)”能力達到了很高的水平。研究室經(jīng)反復實驗，用小米釀造了酒精，從芒硝中提取了硫酸鈉、硫酸鎂，從馬牙堿中結(jié)晶出了純度高達99.6%的小蘇打，比國外一些廠家用專門儀器解析出的小蘇打純度還要高。研究室主任李廣訓還從莨菪草中提取了鎮(zhèn)痛藥阿托品，比當時國內(nèi)一些正規(guī)藥廠制造的鎮(zhèn)痛藥療效還要顯著。

1941年，該廠生產(chǎn)針劑2600盒，中藥1.5萬磅，片劑4300磅，藥棉5100磅，針劑1700磅。其后，每年能產(chǎn)針劑8萬支、中藥3萬磅，并能生產(chǎn)奎寧注射液、葡萄糖注射液、止痛片、止咳片、行軍丹等100多個品種，基本滿足了前方的需要。

當時在制藥廠流傳著一個激勵職工們努力工作、服務傷員、支援前線的順口溜：“堅持持久戰(zhàn)，到了新階段。聽勇士們在叫喊，有醫(yī)無藥多凄慘。努力制藥，突擊生產(chǎn)，再不要叫傷病員叫喊?！?/p>

1942年1月，制藥廠劃歸陜甘寧晉綏軍區(qū)聯(lián)防司令部衛(wèi)生部領導，更名晉綏軍區(qū)聯(lián)防司令部藥廠（內(nèi)部仍稱“八路軍制藥廠”），廠址由西河口遷到姚店子張二村。

為解放盛放藥品的容器問題，藥廠1944年試驗出了第一批安瓿，到1946年底，共生產(chǎn)安瓿8000多個。1945年藥廠已有相當規(guī)模，可生產(chǎn)藥品器材200余種。為抗戰(zhàn)立下了汗馬功勞。毛澤東曾專門為藥廠題詞：“制藥療傷,不怕封鎖,是戰(zhàn)勝敵人的條件之一”。

毛澤東題詞

1947年3月，藥廠撤離張二村，隨軍轉(zhuǎn)戰(zhàn)，在環(huán)境極不穩(wěn)定的情況下，仍堅持制造“盤多幫”鎮(zhèn)痛針劑。1947年7月，奉命東渡黃河到山西臨縣磧口鎮(zhèn)辦廠，至年底共生產(chǎn)孛藥3萬磅，年產(chǎn)西藥1.1萬磅，燒制玻璃棒、安瓿、比重計等10萬支。

1948年制藥廠改稱西北人民制藥廠。1949年5月西安解放后，奉命遷山西新絳縣澤掌鎮(zhèn)，并與晉綏軍區(qū)衛(wèi)生試驗所、晉綏軍區(qū)制藥廠合并，成立西北人民制藥廠，隸屬西北軍區(qū)衛(wèi)生部。1953年集體轉(zhuǎn)業(yè)。